Τα μαθήματα που διδάσκονται σε μεταπτυχιακό επίπεδο είναι:
Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα "Sustainable Technologies of Energy Resources and Raw Materials"
Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα "Γεωτεχνολογία και Περιβάλλον”
Μεταπτυχιακό "Πρόγραμμα Petroleum Engineering"
Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα " Έρευνα & Εκμετάλλευση Υδρ/κων, Επισπεύδον Ίδρυμα: Α.Π.Θ."
Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα "Εφαρμοσμένη και Περιβαλλοντική Γεωλογία, Α.Π.Θ."